Ποινική δίωξη για υπεξαίρεση και απιστία ασκήθηκε σε βάρος του Πατρός Αντωνίου και της πρεσβυτέρας Σταματίας Γεωργαντή για ηθική και φυσική αυτουργία αντίστοιχα.
Η κατηγορία αφορά σε ξέπλυμα Βρώμικου χρήματος ενώ ακόμη δυο άτομα, ένας πρώην εργαζόμενος της Κιβωτού και συγγενικό πρόσωπο του ζευγαριού κατηγορούνται για υπεξαίρεση σε βαθμό πλημμελήματος, αφού ο μεν πρώην υπάλληλος φέρεται να γύρισε 30.000 από το μισθό του στην Κιβωτό, ενώ σε θυρίδα του συγγενή που κατοικεί σε νησί του Αιγαίου, εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ, σύμφωνα με την ΕΡΤ.
Για τις αναιτιολόγητες δαπάνες άνω των 190.000 ευρώ ασκήθηκε δίωξη για απιστία και πρόκειται για ποσά που σχετίζονται με την αγορά από το ζεύγος ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις επισκευές που έγιναν σε αυτό.
Επίσης, αφορά σε εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ από τα ταμεία της Κιβωτού για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Κατά τις εισαγγελικές αρχές τα χρήματα αυτά εκταμιεύτηκαν για άλλους σκοπούς από αυτούς που υπηρετεί η οργάνωση.